Het Defensie Helikopter Commando omhelst momenteel 12 verschillende squadrons, verdeeld over de vliegbases Gilze-Rijen, Leeuwarden en Maritiem Vliegkamp De Kooy. Deze zijn onderverdeeld in vijf operationele squadrons, twee squadrons voor opleiding en expertise, drie squadrons voor materieel en logistiek en, last but not least, twee basis squadrons voor faciliteit en ondersteuning.

Het 303 SAR Squadron zal in 2011 opgeheven worden en de SAR-taak verhuist naar 860 Squadron zodra de NH-90 daarvoor beschikbaar is. Acht transport NH-90's zullen worden ondergebracht bij 300 Squadron, waar vanaf 2012 de resterende Alouette III helikopters zullen worden uitgefaseerd.